Wanner startete an der damaligen Universität Karlsruhe (TH) im Oktober 2003 als Professor für Werkstoffkunde an der Fakultät für Maschinenbau. Er war Gründungsmitglied des Instituts für Angewandte Materialien. 2008 wurde er Studiendekan und war als solcher maßgeblich verantwortlich für die praktische Umsetzung der Bologna-Reform an der KIT-Fakultät für Maschinenbau. Im Jahr 2013 wurde er zum Vizepräsidenten Lehre und akademische Angelegenheiten des KIT ernannt.
Studium und Lehre weiterentwickelt
Als Vizepräsident Lehre und akademische Angelegenheiten war Wanner maßgeblich für die Entwicklung des Leitbilds der forschungsorientierten Lehre am KIT verantwortlich. Weitere Meilensteine seiner Amtszeit waren die Qualitätssicherung im Promotionsverfahren, die Erst- und Reakkreditierung (Systemakkreditierung) eines internen Qualitätsmanagementsystems für Studium und Lehre, die Einführung eines Campusmanagementsystems sowie die kontinuierliche Weiterentwicklung und Stärkung der Lehrkräftebildung am KIT bis zur Errichtung der Karlsruhe School of Education.
Engagiert während der Covid-19-Pandemie
Besondere Verdienste erwarb er sich während der Covid-19-Pandemie, als er für die Aufrechterhaltung des Lehr- und Prüfungsbetriebs verantwortlich war. Neben seinem Engagement in internen Gremien vertrat Wanner das KIT auch extern in zahlreichen Gremien und Ausschüssen auf Landes- und Bundesebene.